石斛屬物種植物形態非常相似，分類特征主要集中在花器官性狀上，且物種之間還存在一定相同的形態特征，其物種鑒定一直被認為是植物分類領域中的難題。對于藥材石斛來說，已經完成喪失了花的特征，比原植物更難鑒定。

DNA分子標記是指能反映生物個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段，其不受器官、發育階段、外界環境的影響，已廣泛用于中藥材、中藥飲片的分子鑒定。在開展分子鑒定之前，首先要利用分子系統學手段對鑒定對象和鑒定標記進行評估。

為了獲得準確、客觀的結果，取樣的數量和范圍至關重要，尤其是針對石斛這種復雜的品種。“會當凌絕頂 一覽眾山小”，在全屬采樣的基礎上，分析物種與物種之間的關系，才能避免因“盲人摸象”而做出不正確的判斷。

中國中醫科學院中藥資源中心石斛研究團隊花費10年時間，對亞洲大陸石斛屬184種1600個樣品開展研究，在準確進行標本鑒定的和嚴格篩選的基礎上，利用不同基因片段對這些標本進行分子系統學分析。

基于基因進化樹和TaxonDNA軟件分析進行物種鑒定率評估，其中ITS+matK在所研究的DNA條形碼及其組合中物種鑒定率最高，184個物種的鑒定率為72.16%。基于上述方法，隨機挑選石斛屬5種植物進行物種鑒定，鑒定率為100%；但隨機挑選石斛屬91種植物進行物種鑒定，其鑒定率降為79.12%。隨著物種數量的增多，基于ITS+matK進行物種鑒定的準確性越低，因此建立覆蓋中國石斛屬植物DNA片段數據庫對于藥材的鑒定具有重要的意義。

對于具體品種，是否能選用某種DNA標記進行鑒定，需要具體分析，才能做出判斷。如銅皮石斛D.moniliforme，通過基因進化樹分析，利用ITS+matK無法將其與霍山石斛、梵凈山石斛、河南石斛等鑒別；而金釵石斛則可以和其他石斛物種鑒別。

上述基礎工作以及石斛屬藥材原植物DNA片段數據庫的建設，為進一步建立石斛藥材分子鑒定方法奠定了堅實的基礎。

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